MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Escherichia coli O111:H- str. 11128 plasmid pO111_5

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013368	GTC	2	6	97	102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751920
2	NC_013368	TTCA	2	8	112	119	25 %	50 %	0 %	25 %	260751920
3	NC_013368	CAG	2	6	127	132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751920
4	NC_013368	TGA	2	6	150	155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751920
5	NC_013368	T	6	6	177	182	0 %	100 %	0 %	0 %	260751920
6	NC_013368	TG	3	6	211	216	0 %	50 %	50 %	0 %	260751920
7	NC_013368	GCT	2	6	301	306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751922
8	NC_013368	AAC	2	6	324	329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260751922
9	NC_013368	CCG	2	6	401	406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	260751922
10	NC_013368	TCGG	2	8	425	432	0 %	25 %	50 %	25 %	260751922
11	NC_013368	TGG	2	6	501	506	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751922
12	NC_013368	TGAG	2	8	534	541	25 %	25 %	50 %	0 %	260751922
13	NC_013368	GAT	2	6	575	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751922
14	NC_013368	CTG	2	6	633	638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751923
15	NC_013368	A	6	6	726	731	100 %	0 %	0 %	0 %	260751923
16	NC_013368	GCAGA	2	10	756	765	40 %	0 %	40 %	20 %	260751923
17	NC_013368	A	7	7	832	838	100 %	0 %	0 %	0 %	260751923
18	NC_013368	AAT	2	6	1056	1061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260751923
19	NC_013368	AGG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260751923
20	NC_013368	GGT	2	6	1184	1189	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751923
21	NC_013368	CAGTAT	2	12	1205	1216	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260751923
22	NC_013368	GGGC	2	8	1229	1236	0 %	0 %	75 %	25 %	260751923
23	NC_013368	GAA	2	6	1299	1304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260751923
24	NC_013368	GAACT	2	10	1381	1390	40 %	20 %	20 %	20 %	260751923
25	NC_013368	CA	4	8	1424	1431	50 %	0 %	0 %	50 %	260751923
26	NC_013368	AAC	2	6	1445	1450	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260751923
27	NC_013368	GAAC	2	8	1497	1504	50 %	0 %	25 %	25 %	260751923
28	NC_013368	CGG	2	6	1510	1515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	260751923
29	NC_013368	GCT	2	6	1524	1529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751923
30	NC_013368	GCG	2	6	1642	1647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	260751923
31	NC_013368	A	6	6	1697	1702	100 %	0 %	0 %	0 %	260751923
32	NC_013368	AAC	2	6	1774	1779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260751923
33	NC_013368	GAA	3	9	1791	1799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260751923
34	NC_013368	GCA	2	6	1875	1880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751923
35	NC_013368	GCA	2	6	1929	1934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751923
36	NC_013368	CAG	2	6	1996	2001	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751923
37	NC_013368	TTAT	2	8	2041	2048	25 %	75 %	0 %	0 %	260751923
38	NC_013368	CAG	2	6	2055	2060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751923
39	NC_013368	TTG	2	6	2256	2261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260751924
40	NC_013368	TCA	2	6	2327	2332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260751924
41	NC_013368	A	8	8	2346	2353	100 %	0 %	0 %	0 %	260751924
42	NC_013368	CTTAG	2	10	2548	2557	20 %	40 %	20 %	20 %	260751925
43	NC_013368	CGG	2	6	2558	2563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	260751925
44	NC_013368	CAGT	2	8	2607	2614	25 %	25 %	25 %	25 %	260751925
45	NC_013368	CGTT	2	8	2638	2645	0 %	50 %	25 %	25 %	260751925
46	NC_013368	CTTCGG	2	12	2769	2780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751925
47	NC_013368	TGG	2	6	2799	2804	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751925
48	NC_013368	GTG	2	6	3151	3156	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751926
49	NC_013368	AGG	2	6	3167	3172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260751926
50	NC_013368	TCA	2	6	3174	3179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260751926
51	NC_013368	TCCA	2	8	3188	3195	25 %	25 %	0 %	50 %	260751926
52	NC_013368	G	6	6	3208	3213	0 %	0 %	100 %	0 %	260751926
53	NC_013368	ATT	2	6	3264	3269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260751926
54	NC_013368	ATT	2	6	3276	3281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260751926
55	NC_013368	GTG	2	6	3394	3399	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751926
56	NC_013368	GCT	2	6	3423	3428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751926
57	NC_013368	A	6	6	3469	3474	100 %	0 %	0 %	0 %	260751926
58	NC_013368	GCCA	2	8	3525	3532	25 %	0 %	25 %	50 %	260751926
59	NC_013368	CAG	2	6	3538	3543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751926
60	NC_013368	TAA	2	6	3548	3553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260751926
61	NC_013368	AT	3	6	3602	3607	50 %	50 %	0 %	0 %	260751926
62	NC_013368	TAT	2	6	3611	3616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260751926
63	NC_013368	CCGGA	2	10	3663	3672	20 %	0 %	40 %	40 %	260751926
64	NC_013368	GTC	2	6	3673	3678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751926
65	NC_013368	GAA	2	6	3792	3797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260751926
66	NC_013368	TAA	2	6	3851	3856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260751926
67	NC_013368	ATG	2	6	3859	3864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751926
68	NC_013368	GTG	2	6	3889	3894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751926
69	NC_013368	TA	3	6	3904	3909	50 %	50 %	0 %	0 %	260751926
70	NC_013368	GAT	2	6	3978	3983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751926
71	NC_013368	AAGA	2	8	3993	4000	75 %	0 %	25 %	0 %	260751926
72	NC_013368	GCTGAA	2	12	4017	4028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	260751926
73	NC_013368	CCT	2	6	4071	4076	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	260751926
74	NC_013368	TA	3	6	4078	4083	50 %	50 %	0 %	0 %	260751926
75	NC_013368	ATG	2	6	4092	4097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751926
76	NC_013368	AATG	2	8	4115	4122	50 %	25 %	25 %	0 %	260751926
77	NC_013368	CTG	3	9	4195	4203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751926
78	NC_013368	AGA	2	6	4319	4324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260751926
79	NC_013368	CGA	2	6	4429	4434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751926
80	NC_013368	CAG	2	6	4588	4593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751926
81	NC_013368	TAG	2	6	4594	4599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751926
82	NC_013368	ATC	2	6	4666	4671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260751926
83	NC_013368	ACG	2	6	4734	4739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751926
84	NC_013368	TGG	2	6	4760	4765	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260751926
85	NC_013368	TTTA	2	8	4776	4783	25 %	75 %	0 %	0 %	260751926
86	NC_013368	TGC	2	6	4796	4801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751926
87	NC_013368	AAC	2	6	4870	4875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260751926
88	NC_013368	A	6	6	4881	4886	100 %	0 %	0 %	0 %	260751926
89	NC_013368	A	6	6	4922	4927	100 %	0 %	0 %	0 %	260751926
90	NC_013368	GAG	2	6	4965	4970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260751926
91	NC_013368	AAAT	2	8	5101	5108	75 %	25 %	0 %	0 %	260751926
92	NC_013368	ATTT	2	8	5130	5137	25 %	75 %	0 %	0 %	260751926
93	NC_013368	ATT	2	6	5185	5190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260751927
94	NC_013368	AT	3	6	5280	5285	50 %	50 %	0 %	0 %	260751927
95	NC_013368	GTT	2	6	5302	5307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260751927
96	NC_013368	GCT	2	6	5312	5317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260751927
97	NC_013368	TGA	2	6	5359	5364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751927
98	NC_013368	ATCT	2	8	5389	5396	25 %	50 %	0 %	25 %	260751927
99	NC_013368	A	6	6	5489	5494	100 %	0 %	0 %	0 %	260751928
100	NC_013368	CAT	3	9	5592	5600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260751928
101	NC_013368	GCA	2	6	5933	5938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260751929
102	NC_013368	G	6	6	5951	5956	0 %	0 %	100 %	0 %	260751929
103	NC_013368	CAGCC	2	10	5967	5976	20 %	0 %	20 %	60 %	260751929
104	NC_013368	AGA	2	6	6010	6015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260751929
105	NC_013368	AGG	2	6	6105	6110	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260751929
106	NC_013368	TGA	2	6	6131	6136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260751929

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.